無菌袋以其無菌、優良的耐低溫性能，及良好的化學穩定性和電絕緣等性能，被廣泛應用于無菌固體原料藥、無菌藥用輔料、無菌制劑等產品的轉運和暫存，以及無菌膠塞從清洗到灌裝線過程的中轉包裝。此外，在食品行業中，無菌袋還可以與紙板、鋁箔共同組成食品的包裝容器，其中無菌袋重量占整個包裝的20%左右，主要阻隔液體滲漏和微生物侵襲的作用。